Todo comenzó a principios de los 90, con la llegada de Louis Van Gaal al banquillo 'Amsterdammer'. Aunque no pudo triunfar en el club de su vida, Van Gaal consiguió tener una segunda oportunidad en el AFC Ajax. Louis se hizo cargo de la dirección de la cantera del club 'franjirrojo'. Su arrolladora personalidad le hizo destacar y pasar a ser uno de los ayudantes de Leo Beenhaker, hasta que el 30 de septiembre de 1991 se convertía en el relevo del técnico de Rotterdam.
El primer año del Ajax bajo su mando no fue fácil. Los resultados no eran los esperados y el fútbol no era brillante. El PSV Eindhoven de Guus Hiddink y Romario arrollaba en la Eredivisie y en la grada del antiguo estadio De Meer coreaban con nostalgia el nombre de Johan Cruyff. Parecía que el recorrido de Van Gaal en el banquillo 'ajaccied' iba a ser corto pero los holandeses comenzaron a avanzar rondas en la Copa de la UEFA, y en la final a doble partido el Ajax se impuso al AC Torino de los Marchegiani, Martín Vázquez, Scifo, Lentini o Casagrande, consiguiendo un título europeo tras cinco años de sequía.
Aquel trofeo fue el inicio de un ciclo glorioso que fue moldeándose durante años. En la 1992-93 el Ajax solo pudo conquistar la Supercopa y la Copa holandesa. Para la siguiente temporada el Ajax perdió a dos de sus jugadores más importantes, Wim Jonk y, sobre todo a Dennis Bergkamp (traspasado al FC Internazionale Milano y que fue el máximo goleador holandés durante tres temporadas consecutivas, de la 1990-91 a la 1992-93). A cambio Van Gaal comenzó a dar protagonismo a jóvenes canteranos como Edwin van der Sar, Edgar Davids, Clarence Seedorf, Michael Reiziger, Winston Bogarde, Patrick Kluivert o los gemelos De Boer (algo más mayores). Además se apostó por los fichajes de algunas promesas como Marc Overmars, el finlandés Jari Litmanen o los nigerianos Nwankwo Kanu y Finidi George. El regreso a casa del veterano Frank Rijkaard (tras su exitoso paso por el AC Milan) terminó por confeccionar un equipo que se convirtió en una máquina. El Ajax de Van Gaal conquistó la Liga tras 4 años de sequía ganándose el derecho de volver a jugar la Liga de Campeones.
Van Gaal fue perfeccionando el estilo de juego, instauró el 3-4-3 como sistema principal, creando un método de juego en el que el equipo si situaba por encima de los futbolistas (era el llamado Team-Building). Con un centro del campo en rombo, con un buen fútbol de bloque, basado en los apoyos entre los jugadores y las aperturas del balón a las bandas, donde dos extremos puros buscaban desde allí los pases al centro de la delantera. En la portería encontrabamos a un portero muy alto con un buen manejo con los pies. Su nombre Edwin van der Saar y acabaría jugando más de 700 partidos en sus 22 años de carrera. En el centro de la defensa encontramos al gran líder dentro del campo, el capitán Danny Blind, uno de los pocos veteranos importantes en el equipo que lideraba la defensa desde el líbero. Los flancos de la zaga los ocupaban Reiziger a la derecha, que podía ocupar el lugar de central o lateral derecho, y a la izquierda Frank de Boer, un central zurdo con una calidad técnica enorme. La defensa estaría escoltada por un veterano Frank Riijkaard en su última temporada en activo, que ocuparía la posición de mediocentro defensivo o incluso central dependiendo de las circunstancias del partido. Junto a él otros dos interiores que acabarían siendo de los mejores centrocampistas del mundo, Clarence Seedorf y Edgar Davids. Ambos interiores aportaban tanto calidad técnica como presencia física. La guinda al centro del campo la pondría un joven Jari Litmanen, que jugaría en la mediapunta con mucha facilidad para llegar al área y finalizar jugadas. El mejor jugador de la historia de Finlandia se hincharía a meter goles. Los dueños de las bandas serían el nigeriano Finidi a la derecha y Overmars a la izquierda. Dos extremos que aportaban velocidad, verticalidad y desborde. La lanza de ataque la lideraría un joven Nwanko Kanu, un delantero nigeriano de 198 centímetros de estatura pero bastante ágil con los pies totalmente desconocido a su llegada a Holanda. Otros actores principales de este equipo fueron Ronald de Boer, hermano de Frank, o un jovencísimo Patrick Kluivert.
En la 1994-95 Europa fue testigo del mejor del momento. Los holandeses superaron la fase de grupos con holgura, derrotando por dos veces al vigente campeón de Europa, el AC Milan de Fabio Capello, dando un verdadero golpe de efecto y demostrando que podrían ganar esa edición. Ni el SV Casino Salzburg ni el AEK FC fueron rivales, y el Ajax se clasificó primero de grupo, con 10 puntos, cinco más que el Milan (los 'rossoneri' recibieron una sanción de dos puntos tras los incidentes ocurridos en uno de los partidos disputados frente a los austriacos y fueron obligados a jugar dos partidos fuera de San Siro, por lo que culminaron la fase de grupos jugando en Trieste). En cuartos de final se deshicieron sin apuros del NHK Hajduk Split y en semifinales 'barrieron' al FC Bayern München con un memorable 5-2. En la final esperaba de nuevo el 'todopoderoso' Milan, que puso contra las cuerdas a los holandeses hasta la entrada en el césped de un jovencísimo Patrick Kluivert de tan sólo 19 años, quien marcaría el gol que le daría el título a cinco minutos del final y volvía a hacer Campeón de Europa al Ajax 22 años después.
Pese a la retirada de Rijkaard y la marcha de Seedorf a la UC Sampdoria el proyecto no corría peligro. El conjunto seguía por encima de las individualidades, que seguían siendo muchas y muy buenas. En la temporada 1995-96 el Ajax conquistó, en el estadio Olímpico de Tokio, la Copa Intercontinental al vencer en la tanda de penaltis al Grêmio FBPA de Luiz Felipe Scolari, donde destacaba un joven Mário Jardel. Además conquistaron la Supercopa de Europa en doble partido ante el Real Zaragoza de Víctor Fernández. También ganaron la Supercopa holandesa (un año después renombrada como Johan Cruijff Schaal) y su tercera Eredivisie consecutiva, convirtiéndose en el equipo más admirado de Europa. Su juego era coral, ordenado y preciosista siendo tan temido como admirado por las aficiones rivales. Se trataba de una máquina casi perfecta que llegó a permanecer 613 días y 75 partidos oficiales sin conocer la derrota.
El Ajax llegó a su segunda final de Liga de Campeones de forma consecutiva, aunque esta vez la tanda de los penaltis dio el título a la Juventus FC. Tras esa derrota y la entrada en vigor de la Ley Bosman el equipo se deshizo con la marcha de jugadores capitales. Louis Van Gaal se quedó para ver como ya nada volvería a ser igual, jugadores como Edgar Davids y Michael Reiziger firmaron por el AC Milan, Nwankwo Kanu se fue al otro equipo de la ciudad (el FC Internazionale Milano), mientras Lopera fichaba para el Real Betis a Finidi George por unos 1.000 millones de pesetas.
